尹政権が設置を決めた警察庁は、警察関連の重要政策や法律の審議、警察幹部の人事、自治体の参加による自治警察への支援などを担当することになる。
韓洙（ハン・スンス）首相は、警察庁の設置について「前政権の民政首席秘書官室が警察庁を担当していたが、行政安全部長官がより民主的かつ透明な方法で実効的に管理できるようにするため」と説明している。
しかし、実際には、文政権の「検察による直接捜査の段階的縮小」によって、検察庁が単なる起訴事務局になることを阻止するための組織改編であり、政権による警察への監督機能は、警察の独立性さえ奪いかねない組織改編であると指摘されている。
当然、念願の捜査権拡大を奪われた警察は反発を強め、7月25日には全国約650人の警察署長のうち半数以上の357人が出席して警察庁設置の見送りを求める会議を開催するなど、政府との対立は深まる一方だ。しかし、この動きに対し、警察庁は会議を主導した蔚山中央警察署長に自宅待機命令を出し、参加者の集団懲戒処分を示唆した。
尹大統領も「憲法と法律に基づく政府の政策と改編に警察が集団で反対するのは、重大な公序良俗違反だ」と批判している。警察は今、さらに新警察庁に抗議している。
警察庁新設問題と並んで、あるいはそれ以上に大きなダメージを与えたのが、尹大統領の与党幹部への電報流出問題であり、尹政権への支持と与党勢力の衰退を招いている。
＜尹総統の与党幹部への批判
7月26日、国会でこの問題が発生した。与党「国民大衆動力党」の権成東（クォン・ソンドン）党首代行・院内代表は、議場で見ていたスマートフォンの画面に尹大統領からの電文を受信した。
>”党内で銃を向けていた党代表が交代して変わった “と。
ここでいう党代表とは、昨年6月に36歳の若さで党代表に選出されたイ・ジュンソク氏のことである。国政選挙の経験はないが、党の最高委員を務めた経験があり、保守系の若手ホープとして期待されていた。しかし、昨年12月に性犯罪の疑惑が報じられ（本人は否定）、今年7月7日には市民団体から証拠隠滅を図ったとして提訴され、党員資格停止6カ月の処分を受けた。これに対し、李氏は「規定によれば、懲戒処分権は党代表にある」として、自分に対する懲戒処分は不当だとして党執行部と対立してきた。
そんな折、尹社長は党代表を務めていた権議員に前述の電報メッセージを送った。しかし、タイミングが悪く、メッセージを開いたスマートフォンの画面が国会記者団に撮影され、衆人環視のもとにさらされることになった。
それまで尹社長は、李代表の問題について「党務に言及するのは適切ではない」と表向きは慎重な姿勢をとっていた。行政府が龍山（大統領府）の指示に従うか、龍山の命令を実行するかのような姿勢をとっていることは、メッセージから国民に分かるだろう」と述べた。
7月31日、写真を撮られた公明党の党首は、今回の事件の責任を取って党首代行を辞任すると発表した。また、党運営を緊急委員会体制に移行する意向を明らかにしたが、事態の収拾は容易ではなさそうだ。
緊急委員会体制に移行するためには、党の規定で「最高委員会の機能喪失」を前提にしているが、この規定の解釈をめぐって尹代表に近い勢力と李党首に近い勢力が対立しているとされ、さらに、緊急委員長を任命できるのは党首または代表代行のみで、さらなる党内紛争を引き起こす可能性もあるという。このような状況は、さらなる党内対立の引き金になりかねない。